A baixa continua sendo processada da mesma forma, pelo CRE1580, com o diferencial de que as retenções serão feitas automaticamente, quando a base de cálculo for superior a R$5.00,00.
Quando o cliente fizer a retenção dos impostos em valores inferiores a R$5.000,00, a baixa das retenções deve ser feita de forma manual, utilizando o tipo de portador "Carteira" e os códigos 2380 / 2390 e 2400 - Retenção Manual PIS / COFINS e CSLL, respectivamente.
Obs.: Deve ser observado sempre que efetuar uma baixa manual, se a NF tem ou não incidência de PIS/COFINS/CSLL, para registrar a forma de pagamento adequada.
Exemplo:
Pagamento através de depósito de uma NF de Direito de Uso (sem retenção): a forma de pagamento que deve ser utilizada é "DP";
Pagamento através de depósito de uma NF de AC (com retenção): a forma de pagamento que deve ser utilizada é "DE".
Nas baixas manuais, a forma de pagamento deve ser lançada corretamente, independente do valor pago pelo cliente. Pois, estes valores irão compor a base de cálculo dos impostos, que é cumulativa.
Abaixo temos as situações que podem ocorrer no dia a dia da cobrança e quais os procedimentos a serem adotados.
Pagamentos Inferiores a R$5.000,00, sem Retenção:
A baixa segue o mesmo procedimento utilizado anteriormente (CRE1580) e o valor bruto desta NF será acumulado para retenção dos impostos, dentro do mês.

Obs.: Não haverá necessidade de retenção manual, como anteriormente era feito, pois o sistema fará automaticamente quando o valor acumulado ultrapassar R$5.000,00. Caso o cliente não faça a retenção, mesmo que o valor seja superior, o sistema fará a baixa da duplicata e será gerada NC (nota de crédito), nos valores correspondentes aos impostos.
Pagamentos Inferiores a R$5.000,00, com Retenção:
A baixa será feita como parcial, no valor pago e as retenções deverão ser feitas manualmente, utilizando os portadores 2380/2390 e 2400 - Retenção Manual PIS/COFINS/CSLL, respectivamente.
Pagamentos Superiores a R$5.000,00, sem Retenção:
A baixa é feita normalmente e o sistema irá gerar NC's correspondentes aos valores das retenções.
Pagamentos Superiores a R$5.000,00, com Retenção:
A baixa é normal e a retenção será feita automaticamente.
Pagamentos Superiores a R$5.000,00 em NF's que Tiveram Abatimento, com Retenção:
A baixa é normal e a retenção será feita automaticamente.
Obs.: Para pagamentos inferiores ao valor limite, a base de cálculo será acumulada para retenção posterior, dentro do mês.
Pagamento Parcial:
A baixa parcial será feita no valor pago pelo cliente. Se este for inferior ao limite, será acumulado na base de cálculo. Caso seja superior, o sistema fará a liberação das retenções, proporcionalmente ao que foi pago.
Exemplo:
Valor Bruto da NF: R$10.500,00
1. Pagamento Parcial - 1° Parcela:
- Valor: R$2.500,00
2. Pagamento Parcial - 2° Parcela
- Valor: R$5.000,00 - Terá retenção proporcional ao valor pago, que foi de R$7.500,00 (R$2.500,00 + R$5.000,00 * 100 / 93,85 = R$7.991,48 / R$10.500,00 = 76,11%)
| Valor das Retenções | Porcentagem Correspondente | Valor da Liberação |
| PIS: R$68,25 | 76,11% | R$51,95 |
| COFINS: R$315,00 | 76,11% | R$239,75 |
| CSLL: R$105,00 | 76,11% | R$79,92 |
3. Pagamento do Saldo:
Valor: R$2.354,25
Ex. R$2.354,25 * 100 / 93,85 = R$2.508,52 / R$10.500,00 = 23,89%
| Valor das Retenções | Porcentagem Correspondente | Valor da Liberação |
| PIS: R$68,25 | 23,89% | R$16,30 |
| COFINS: R$315,00 | 23,89% | R$75,25 |
| CSLL: R$105,00 | 23,89% | R$25,08 |
Baixa por Adiantamento:
A baixa é feita pelo CRE1650, considerando o valor líquido do serviço - ou seja, o valor bruto da NF menos as retenções - nos casos em que há incidência de PIS, COFINS e CSLL. Nos casos em que não há essa incidência, a baixa deve ser feita pelo valor total da NF.

Obs.: Ao efetuar a baixa pelo CRE1650 (por adiantamento), será exibida a mensagem: “Haverá liberação de retenção de PIS/COFINS e CSLL. Confirma o valor?”.
Quando a nota fiscal tiver retenção desses impostos, a retenção deverá ser confirmada. Caso não haja retenção, deve-se optar por não reter.
Exclusão de Pagamentos Dentro do Mês:
O sistema fará o lançamento inverso ao do pagamento, ou seja, estará tirando as retenções correspondentes das liberações automáticas.
Exclusão de Pagamento de Meses Anteriores:
O sistema fará o lançamento inverso ao do pagamento, ou seja, estará tirando as retenções correspondentes das liberações automáticas.
Exclusão de Pagamento para Baixa de Outra Duplicata - Clientes Diferentes:
O primeiro passo é excluir o pagamento da nota fiscal que foi baixada indevidamente. Em seguida, a baixa da duplicata correta deve ser realizada conforme o procedimento padrão, alterando apenas as seguintes datas:
- Data do crédito: deve corresponder à data da exclusão do pagamento;
- Data do lançamento: deve ser igual à data do crédito (ou seja, à data da exclusão);
- Data do pagamento: deve ser a data do pagamento da nota fiscal que foi excluída.
As retenções serão aplicadas automaticamente.